Existen varias especies de hongos que atacan frecuentemente al cannabis. Están los que afectan sólo a las raíces, otros que afectan a las hojas y otros a los cogollos. Estos se han de poder reconocer para evitar que se propaguen por toda la planta.

La genética de la planta influye mucho sobre la tendencia a contraer hongos. También influye el exceso de nitrógeno en el sustrato.

Botrytis. También conocido como moho gris y hongo de la podredumbre. Es el hongo más común entre los cultivadores de cannabis. Mayoritariamente afecta a los cultivos de exterior cuando la floración está avanzada y la humedad es elevada. La botrytis aparece especialmente después de las lluvias. Las variedades índicas son bastante más susceptibles que las variedades sativas, debido a que la constitución de los cogollos es más densa.

Como distinguir un brote de botrytis: el tejido atacado (hojas, tallo o cogollo) se vuelve de color marrón grisáceo y pierde consistencia, las esporas son visibles, y si se toca la parte atacada se puede ver como se desprenden y flotan en el aire.

La aparición de botrytis depende mucho de la humedad relativa de la zona donde se cultiva. No se conocen remedios químicos probados para prevenir o combatir la botrytis. Pero se sabe que las plantas que han recibido menos nitrógeno son las menos afectadas por la botrytis. La única táctica infalible para combatir la botrytis es plantar genéticas resistentes al hongo. Los destrozos generados por las orugas también son propensos a la botrytis, conviene mantener las orugas a raya; incluso los excrementos de las orugas se pudren con botrytis. Si el orígen de la botrytis es la humedad ambiental y/o la genética deberemos  remediarlo reduciendo la humedad del ambiente en lo posible. En cultivos interior se debe aumentar la ventilación, no rociar los cogollos con agua y reducir el aporte de nitrógeno. Si se cultiva en exterior el rocío de la mañana, si se mantiene durante varias horas propicia la posibilidad de que aparezca botrytis. Si cultivamos en una zona con bastante húmeda será conveniente buscar lugares abiertos, donde corra el aire y haya muchas horas de luz para que la humedad se seque lo antes posible. En zonas secas del interior, los climas son mucho más secos y la botrytis no afecta tanto, siempre y cuando no llueva.

En caso de que la botrytis esté infectando a muchas otras plantas, deberíamos cortarla. A no ser que los focos que aparecen diariamente, se puedan extraer fácilmente no merece la pena cortar. Para extraer focos de botrytis muchas veces es mejor retirar el cogollo entero que ha sido infectado, ya que la botrytis suele volver a aparecer en el cogollo si únicamente limpiamos el foco. Si la botrytis ataca a cogollos pequeños es fácil retirarlos. El problema es cuando ataca a cogollos grandes y densos, en este caso siempre es mejor cortar por lo sano y llevarse el cogollo. En caso de que los cogollos fueran atacados masivamente por la botrytis sería conveniente cortar la planta entera.

Roya

Es un hongo poco común, pero aparece en condiciones de poca ventilación y/o elevada humedad. Ataca las hojas, dejando manchas redondeadas de color marrón amarillento que se hacen cada vez más grandes. En su estado inicial podemos detectar infecciones de roya observando el envés de las hojas, donde aparecen manchas de color blanco.

La roya ataca a las hojas, siendo difícil frenar su progreso si no se reduce la humedad del ambiente. Una vez las hojas han sido atacadas ya no se pueden salvar, la planta deberá invertir tiempo y energía en crear más hojas, retrasándose el crecimiento o la floración.

Existen preparados comerciales para combatir las royas, aunque si la humedad persiste, la roya seguirá avanzando tarde o temprano.

Otros hongos

Existen muchos otros hongos que afectan al cannabis: fusarium, mildiu, tizón, pythium, y un largo etcétera. Muchos de ellos tienen su origen en las raíces. Si el substrato no es suficientemente esponjoso y permanece húmedo durante periodos de varios días los hongos aparecen fácilmente. Un buen remedio para frenar el avance de cualquier hongo es reducir la dosis de riegos.

La falta de higiene en el cultivo también es causa de infecciones fúngicas. Puede haber esporas de algún hongo si el substrato no procede del bosque o si no está esterilizado. Si se tienen problemas con infecciones de hongos se debería probar a utilizar sustratos comerciales esterilizados.